path :: protein back-translation and alignment

Input sequences

>sp|P04085|PDGFA_HUMAN Platelet-derived growth factor subunit A OS=Homo sapiens GN=PDGFA PE=1 SV=1
MRTLACLLLLGCGYLAHVLAEEAEIPREVIERLARSQIHSIRDLQRLLEIDSVGSEDSLD
TSLRAHGVHATKHVPEKRPLPIRRKRSIEEAVPAVCKTRTVIYEIPRSQVDPTSANFLIW
PPCVEVKRCTGCCNTSSVKCQPSRVHHRSVKVAKVEYVRKKPKLKEVQVRLEEHLECACA
TTSLNPDYREEDTGRPRESGKKRKRKRLKPT
>gi|220840|dbj|BAA00987.1| platelet-derived growth factor A chain (PDGF-A) [Rattus sp.]
MRTWACLLLLGCGYLAHALAEEAEIPRELIERLARSQIHSIRDLQRLLEIDSVGAEDALETNLRAHGSHT
VKHVPEKRPVPIRRREVLRKPFPQFARPGRSFTRYLGARWTPTSANFLIWPPCVEVKRCTGCCNTSSVKC
QPSRVHHRSVKVAKVEYVRKKPKLKEVQVRLEEHLECACATSNLNPDHREEETDVR

Alignment of back-translated graphs

Score: 1518.04
E-value: 0.0

Sequence 1
fragment
Sequence 2
fragment
Reading frame
difference
ScoreE-value
[1 .. 255][1 .. 255]0709.440.0
[255 .. 335][256 .. 336]2142.814.111543864704359E-6
[336 .. 587][336 .. 587]0785.790.0
 M  R  T  W  A  C  L  L  L  L  G  C  G  Y  L  A  H  A  L  A  E  E  A  E  I  P  R  E  L  I 
ATGAGAACATGGGCATGTTTATTATTATTAGGATGTGGATATTTAGCACATGCGTTAGCAGAAGAAGCAGAAATACCAAGAGAACTGATA
||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
ATGAGAACATTGGCATGTTTATTATTATTAGGATGTGGATATTTAGCACATGTGTTAGCAGAAGAAGCAGAAATACCAAGAGAAGTGATA
 M  R  T  L  A  C  L  L  L  L  G  C  G  Y  L  A  H  V  L  A  E  E  A  E  I  P  R  E  V  I 



 E  R  L  A  R  S  Q  I  H  S  I  R  D  L  Q  R  L  L  E  I  D  S  V  G  A  E  D  A  L  E 
GAAAGATTAGCAAGATCACAAATACATTCAATAAGAGATTTACAAAGATTATTAGAAATAGATTCAGTAGGAGCGGAAGATGCGTTAGAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||.
GAAAGATTAGCAAGATCACAAATACATTCAATAAGAGATTTACAAAGATTATTAGAAATAGATTCAGTAGGATCGGAAGATTCGTTAGAT
 E  R  L  A  R  S  Q  I  H  S  I  R  D  L  Q  R  L  L  E  I  D  S  V  G  S  E  D  S  L  D 



 T  N  L  R  A  H  G  S  H  T  V  K  H  V  P  E  K  R  P  V  P  I  R  R   R  E  V  L  R  K
ACAAATTTAAGAGCACATGGATCGCATACGGTGAAACATGTACCAGAAAAAAGACCAGTGCCAATAAGAAGA-AGAGAAGTATTGAGGAA
||||:||||||||||||||||.:||||:||::|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||| |||||||||||||||||
ACAAGTTTAAGAGCACATGGAGTGCATGCGACGAAACATGTACCAGAAAAAAGACCACTGCCAATAAGAAGAAAGAGAAGTATTGAGGAA
 T  S  L  R  A  H  G  V  H  A  T  K  H  V  P  E  K  R  P  L  P  I  R  R  K  R  S  I  E  E 



  P  F  P  Q  F  A  R  P  G  R  S  F  T  R  Y  L  G  A  R  W  T  P  T  S  A  N  F  L  I  W
GCCGTTCCCGCAGTTTGCAAGACCAGGACGGTCATTTACGAGATACCTAGGAGCCAGGTGGACCCCAACATCAGCAAATTTTTTAATATG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
GCCGTTCCCGCAGTTTGCAAGACCAGGACGGTCATTTACGAGATACCTAGGAGCCAGGTGGAC-CCAACATCAGCAAATTTTTTAATATG
 A  V  P  A  V  C  K  T  R  T  V  I  Y  E  I  P  R  S  Q  V  D   P  T  S  A  N  F  L  I  W



  P  P  C  V  E  V  K  R  C  T  G  C  C  N  T  S  S  V  K  C  Q  P  S  R  V  H  H  R  S  V
GCCACCATGTGTAGAAGTAAAAAGATGTACAGGATGTTGTAATACATCATCAGTAAAATGTCAACCATCAAGAGTACATCATAGATCAGT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GCCACCATGTGTAGAAGTAAAAAGATGTACAGGATGTTGTAATACATCATCAGTAAAATGTCAACCATCAAGAGTACATCATAGATCAGT
  P  P  C  V  E  V  K  R  C  T  G  C  C  N  T  S  S  V  K  C  Q  P  S  R  V  H  H  R  S  V



  K  V  A  K  V  E  Y  V  R  K  K  P  K  L  K  E  V  Q  V  R  L  E  E  H  L  E  C  A  C  A
AAAAGTAGCAAAAGTAGAATATGTAAGAAAAAAACCAAAATTAAAAGAAGTACAAGTAAGATTAGAAGAACATTTAGAATGTGCATGTGC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AAAAGTAGCAAAAGTAGAATATGTAAGAAAAAAACCAAAATTAAAAGAAGTACAAGTAAGATTAGAAGAACATTTAGAATGTGCATGTGC
  K  V  A  K  V  E  Y  V  R  K  K  P  K  L  K  E  V  Q  V  R  L  E  E  H  L  E  C  A  C  A



  T  S  N  L  N  P  D  H  R  E  E  E  T  D 
AACATCGAATTTAAATCCAGATCACAGAGAAGAAGAAACAGAC
||||.|||:|||||||||||||:|||||||||||||.||||:|
AACAACGAGTTTAAATCCAGATTACAGAGAAGAAGATACAGGC
  T  T  S  L  N  P  D  Y  R  E  E  D  T  G 

    

Protein alignment

PDGFA_HUMAN        1 MRTLACLLLLGCGYLAHVLAEEAEIPREVIERLARSQIHSIRDLQRLLEI     50
                     |||.|||||||||||||.||||||||||:|||||||||||||||||||||
BAA00987.1         1 MRTWACLLLLGCGYLAHALAEEAEIPRELIERLARSQIHSIRDLQRLLEI     50

PDGFA_HUMAN       51 DSVGSEDSLDTSLRAHGVHATKHVPEKRPLPIRRKRSIEEAVPAVCKTRT    100
                     ||||:||:|:|:|||||.|..||||||||:||||:..:.:..|...:...
BAA00987.1        51 DSVGAEDALETNLRAHGSHTVKHVPEKRPVPIRRREVLRKPFPQFARPGR    100

PDGFA_HUMAN      101 VIYEIPRSQVDPTSANFLIWPPCVEVKRCTGCCNTSSVKCQPSRVHHRSV    150
                     .......::..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BAA00987.1       101 SFTRYLGARWTPTSANFLIWPPCVEVKRCTGCCNTSSVKCQPSRVHHRSV    150

PDGFA_HUMAN      151 KVAKVEYVRKKPKLKEVQVRLEEHLECACATTSLNPDYREEDT    193
                     |||||||||||||||||||||||||||||||::||||:|||:|
BAA00987.1       151 KVAKVEYVRKKPKLKEVQVRLEEHLECACATSNLNPDHREEET    193